Berberinijev klorid se večinoma uporablja za zdravljenje gastroenteritisa, bakterijske dysentery in drugih črevesnih okužb, konjunktivitisa, supurativnih mednih otitisov in drugih učinkovin. Ugotovljeno je bilo tudi, da blokirajo alfa-receptorje in preprečujejo aritmijo. Ima inhibitorne učinke na Shigella, Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Streptococcus, Salmonella typhi in Amoeba. Klinično se uporablja predvsem za črevesne okužbe in bacilarni dizentery. V zadnjem času je bil ugotovljen tudi ta izdelek, ki ima učinke proti aritmiji. Berberin ima močno antitumorsko aktivnost in vitro in in vivo ter lahko povzroči diferenciacijo celic B16; ima sinergističen učinek s citarabinijevim kloridom in vitro za zdravljenje črevesne okužbe, očesne dizenterije in drugih črevesnih okužb, konjunktivitisa, učinkovito sredstvo za opušcanje otitisa.
